- Anggota Perhimpunan sebagai pengambil keputusan tertinggi, mengadakan Rapat Umum Anggota sekali dalam setahun.
- Badan pengurus dipilih dari dan oleh anggota pada Rapat Umum Anggota untuk periode kerja 3 tahun. Mereka bertanggung jawab pada Rapat Umum Anggota Perhimpunan KSPPM.
- Badan Intenal Audit, terdiri dari 3 orang yang dipilih pada Rapat Umum Anggota untuk periode 3 tahun.
- Sekretaris Pelaksana atau Direktur Program bertanggung jawab pada Badan Pengurus dengan masa kerja 3 tahun.
- Staff divisi studi dan advokasi, pengorganisasian, dan manajemen bertanggung jawab kepada Sekretaris Pelaksana atau Direktur Program.
Susunan Badan Pengurus Periode 2021-2024
| Ketua | : Pdt. JAU Doloksaribu |
| Wakil Ketua | : Indira J. Simbolon |
| Sekretaris | : Dimpos Manalu |
| Bendahara | : Pdt. Setia Ulina Br. Tarigan |
| Anggota | : Pdt. Adventus Nadapdap Saur Tumiur Situmoarang Magdalena Siahaan |
Susunan Badan Internal Audit (BIA) Periode 2021-2024
1. Pdt. Rahel Naomi Simarmata
2. Eliakim Sitorus