Sekretaris Pelaksana/Direktur Program dan Staf melaksanakan program berdasarkan pembagian divisi, yakni:
I. Divisi Pengorganisasian
- Melakukan pembentukan dan penguatan kelompok (Kelompok Tani dan Serikat Tani) di 3 wilayah.
- Memfasilitasi diskusi-diskusi tematis di kelompok tentang pemenuhan hak-hak sipol dan ekosob.
- Mengadakan pendidikan/pelatihan tentang: Kepemimpinan, Manajemen Organisasi, Manajemen Credit Union, Pengembangan Pertanian Selaras Alam, dll.
- Memfasilitasi orientasi/studi banding kelompok tani di tingkat lokal, regional dan nasional.
- Memfasilitasi hearing/audiensi, lobby, dan demonstrasi ke Eksekutif dan Legislatif untuk memperjuangkan pemenuhan hak-hak sipol dan ekosob: peningkatan anggaran di sektor pertanian dan kesehatan, lingkungan, dll, di empat Kabupaten.
- Kampanye tentang pemenuhan hak-hak sipol dan ekosob, dan upaya-upaya pemulihan lingkungan melalui media cetak dan elektronik (koran, buletin, radio lokal, website, dan media lainnya).
- Publikasi laporan dan hasil-hasil pengorganisasian.
- Mengikuti kegiatan-kegiatan jaringan dalam rangka membangun jaringan organisasi rakyat dan pengembangan kapasitas staf di tingkat lokal, regional, nasional, dan internasional.
II. Divisi Studi dan Advokasi
- Melakukan studi/riset tentang kebijakan dan pemenuhan hak-hak ekosob di tiga kabupaten (alokasi anggaran di sektor pertanian, pendidikan, dan kesehatan dalam APBD); dampak pembangunan dan industri terhadap lingkungan di tiga wilayah pendampingan.
- Memfasilitasi diskusi-diskusi di kelompok tentang: Kebijakan pengelolaan SDA, UU Pertanahan, UU Kehutanan, Hak-hak Masyarakat Adat, dan lainnya.
- Advokasi kebijakan dan kasus-kasus struktural (tanah, hutan, dan lingkungan).
- Mengadakan pemetaan wilayah adat secara partisipatif.
- Mengadakan pelatihan/pendidikan politik, hukum, hak asasi manusia, resolusi konflik, valuasi sumber daya alam-ekonomi desa, dan lainnya.
- Menyelenggarakan seminar-seminar tentang tanah, lingkungan, hutan, dll.
- Pengembangan dan penguatan jaringan terhadap ornop, gereja, pemerintah, dan stakeholders lainnya yang memiliki kontribusi atau peran terhadap proses pengambilan kebijakan publik.
- Kampanye melalui media cetak dan elektronik (koran, buletin, radio lokal, website, dan media lainnya) tentang kasus-kasus struktural dan lingkungan, kebijakan yang kurang melindungi hak-hak rakyat, dan tentang HIV/AIDS.
- Memfasilitasi hearing/audiensi, lobby, dan demonstrasi untuk penyelesaian kasus-kasus struktural dan lingkungan di tingkat lokal, regional, dan nasional.
- Publikasi laporan dan hasil-hasil studi; hasil advokasi kebijakan; hasil advokasi kasus-kasus struktural dan lingkungan.
- Mengikuti kegiatan-kegiatan jaringan dalam rangka membangun jaringan advokasi kebijakan dan avokasi kasus-kasus struktural, kasus lingkungan, dan dalam rangka pengembangan kapasitas staf di tingkat lokal, regional, nasional, dan internasional..
III. Divisi Managemen
- Merupakan divisi pendukung (supporting system) terhadap pelaksanaan kegiatan 2 divisi lain.
- Mengelola program dan kegiatan untuk meningkatkan managemen yang semakin efektif dan efisien.
- Mengelola data dan dokumen dalam sistem data base yang sistematis sehingga dapat digunakan sebagai bahan pengorganisasian dan advokasi.
- Mengelola komunikasi KSPPM secara internal maupun dengan pihak lain, monitoring pelaksanaan kegiatan, dan memastikan bahwa perencanaan dan pelaksanaan program sesuai dengan kerangka proyek.
- Mengelola sistem keuangan secara akuntable dan transparan.