Sekretaris Pelaksana/Direktur Program dan Staf melaksanakan program berdasarkan pembagian divisi, yakni:

I. Divisi Pengorganisasian

1. Melakukan pembentukan dan penguatan kelompok (Kelompok Tani dan Serikat Tani) di 3 wilayah.

2. Memfasilitasi diskusi-diskusi tematis di kelompok tentang pemenuhan hak-hak sipol dan ekosob.

3. Mengadakan pendidikan/pelatihan tentang: Kepemimpinan, Manajemen Organisasi, Manajemen Credit Union, Pengembangan Pertanian Selaras Alam, dll.

4. Memfasilitasi orientasi/studi banding kelompok tani di tingkat lokal, regional dan nasional.

5. Memfasilitasi hearing/audiensi, lobby, dan demonstrasi ke Eksekutif dan Legislatif untuk memperjuangkan pemenuhan hak-hak sipol dan ekosob: peningkatan anggaran di sektor pertanian dan kesehatan, lingkungan, dll, di empat Kabupaten.

6. Kampanye tentang pemenuhan hak-hak sipol dan ekosob, dan upaya-upaya pemulihan lingkungan melalui media cetak dan elektronik (koran, buletin, radio lokal, website, dan media lainnya).

7. Publikasi laporan dan hasil-hasil pengorganisasian.

8. Mengikuti kegiatan-kegiatan jaringan dalam rangka membangun jaringan organisasi rakyat dan pengembangan kapasitas staf di tingkat lokal, regional, nasional, dan internasional.

II. Divisi Studi dan Advokasi

1. Melakukan studi/riset tentang kebijakan dan pemenuhan hak-hak ekosob di tiga kabupaten (alokasi anggaran di sektor pertanian, pendidikan, dan kesehatan dalam APBD); dampak pembangunan dan industri terhadap lingkungan di tiga wilayah pendampingan.

2. Memfasilitasi diskusi-diskusi di kelompok tentang: Kebijakan pengelolaan SDA, UU Pertanahan, UU Kehutanan, Hak-hak Masyarakat Adat, dan lainnya.

3. Advokasi kebijakan dan kasus-kasus struktural (tanah, hutan, dan lingkungan).

4. Mengadakan pemetaan wilayah adat secara partisipatif.

5. Mengadakan pelatihan/pendidikan politik, hukum, hak asasi manusia, resolusi konflik, valuasi sumber daya alam-ekonomi desa, dan lainnya.

6. Menyelenggarakan seminar-seminar tentang tanah, lingkungan, hutan, dll.

7. Pengembangan dan penguatan jaringan terhadap ornop, gereja, pemerintah, dan stakeholders lainnya yang memiliki kontribusi atau peran terhadap proses pengambilan kebijakan publik.

8. Kampanye melalui media cetak dan elektronik (koran, buletin, radio lokal, website, dan media lainnya) tentang kasus-kasus struktural dan lingkungan, kebijakan yang kurang melindungi hak-hak rakyat, dan tentang HIV/AIDS.

9. Memfasilitasi hearing/audiensi, lobby, dan demonstrasi untuk penyelesaian kasus-kasus struktural dan lingkungan di tingkat lokal, regional, dan nasional.

10. Publikasi laporan dan hasil-hasil studi; hasil advokasi kebijakan; hasil advokasi kasus-kasus struktural dan lingkungan.

11. Mengikuti kegiatan-kegiatan jaringan dalam rangka membangun jaringan advokasi kebijakan dan avokasi kasus-kasus struktural, kasus lingkungan, dan dalam rangka pengembangan kapasitas staf di tingkat lokal, regional, nasional, dan internasional..   

III. Divisi Managemen

1. Merupakan divisi pendukung (supporting system) terhadap pelaksanaan kegiatan 2 divisi lain.

2. Mengelola program dan kegiatan untuk meningkatkan managemen yang semakin efektif dan efisien.

3. Mengelola data dan dokumen dalam sistem data base yang sistematis sehingga dapat digunakan sebagai bahan pengorganisasian dan advokasi.

4. Mengelola komunikasi KSPPM secara internal maupun dengan pihak lain, monitoring pelaksanaan kegiatan, dan memastikan bahwa perencanaan dan pelaksanaan program sesuai dengan kerangka proyek.

5. Mengelola sistem keuangan secara akuntable dan transparan.